En 1849, le père de Johann Strauss II décède, succombant à une scarlatine. Cet évènement affecte émotionnellement Johann fils. Peu après, la presse viennoise publie les présentations musicales des dernières années du père comme celles d’un duel avec le fils, rivalité niée par Johann Strauss II. Le 3 octobre 1849, Srauss II déclare, par voie de lettre, publier dans le journal Wiener Zeitungque que, malgré l’absence de son père dans sa famille, celui-ci demeurait pour lui un professeur vénéré, de même qu’un père bienaimé. En comparant la structure musicale de leurs compositions, avant la mort de Johann Strauss I, nous pouvons apercevoir des corrélations dans plusieurs de leurs phrases mélodiques et des interactions mélodiques et harmoniques entre les instruments.
Après la mort de son père, le jeune Johann unifie son orchestre avec celui de son père et crée un des plus grands orchestres d’Europe, qui se place à la hauteur des grands orchestres symphoniques. Son prestige commence alors à rayonner, non seulement en qualité de chef d’orchestre qui excelle dans la spatialisation sonore d’instruments, la succession des nuances et des progressions mélodiques et harmoniques, mais également par la beauté de ses compositions, qui sont surtout des polkas, des quadrilles, et des valses. Parmi ces dernières, se trouvent Fantasiebilder (Images fantastiques) Klange aus der Walachei (sons de Valachie) et Dorfgeschichten (Histoires de village). En 1853, son frère Eduard Strauss le rejoint comme codirecteur de l’orchestre et, en 1856, commence à présenter ses œuvres en Russie.
En 1862, Johann épouse Henriette Treffz, une des meilleures mezzosopranos de Vienne et, une année plus tard, devient Directeur musical du bal de la cour impériale d’Autriche, laissant la direction de son orchestre à ses frères Josef et Eduard. Il se dévoue complètement à la composition musicale et à la présentation de ses œuvres en Europe. Parmi ces œuvres, il compose, en 1866, sa célèbre valse An der schonen blauen Donau (Au beau Danube bleu). La même année voyait éclater la guerre austro-prussienne (entre le royaume de Prusse et l’empire d’Autriche), dans laquelle interviennent plusieurs des états de la Confédération germanique. Cette guerre se solde par le traité de Prague, qui réduit le territoire de l’empire d’Autriche, et annexe une grande partie des états de la confédération germanique au royaume de Prusse, en instaurant la Confédération de l’Allemagne du Nord.
